②更正をするなら６月までに準備が必要

納税者が修正申告を提出しない、というのであれば調査官は更正をする準備をしなければなりません。ただ、更正というのはかなり面倒なもので、証拠を固めるために必要であれば反面調査に行かなければなりません。
さらには、それらの証拠収集が終わった後も、税務署内では「重要 審議会」（通称「じゅうしん」）が開催されて、更正（否認）内容が適正かどうかの検討・決裁が必要になります。
更正となれば、「重要審議会」も少なくとも副署長・署長の２回は 必須で、かつ証拠不十分や課税要件によっては「差し戻し」をされることまで考えられます。
税務調査の中で、どれだけやり取りをしても、重要審議会のための資料作成などを考えれば、調査官には２ヶ月程度の時間が必要になります。
だからこそ、 更正になるとすれば６月中（事務年度内）に終わらせるために、３月中に修正申告か更正か明確にしないとダメという逆算を調査官がしていることになります。
　 もちろん、調査官は国税の内部事情を言いません。
しかし、内部事情を知っていれば、税務調査において３月が１つの分岐点になることがわかります。
冒頭の調査事案も、３月中に修正申告をすることを前提に、一部の否認項目を取り下げる、もしくは重加算税の対象項目を減らしてもらうことで交渉し、
有利に進む可能性もあるので、3月下旬という分岐点は、意識しておいたほうがよいですね。