では、調査官の評価は何によってなされるのでしょうか。

もちろん、定性的な評価項目（真面目に仕事に取り組んでいる、積極的に業務をはたしている、など）は統括官が評価することになるわけですが、調査事案における評価項目は、大きく２つになります。

①増差所得
「増差税額」ではなく、「増差所得」です。よく勘違いされます。
増差税額で評価をすると、欠損金がある調査先を選定しない、などの不都合が生じることになります。
ここにいう増差所得は、調査１件あたりの累計ではかることになっており、例えば７年遡及する調査事案の場合は、７年で発生した増差所得の合計になります。

②重加算税の賦課率 　ここでは、（重）加算税の賦課「額」ではなく、「率」です。国税で はこれを「不正発見割合」と呼んでいます。国税庁が発表している調査事案の資料があるのですが、そこに「不正発見割合」が公表されていることがわかります。
これらを野球で例えると、「増差所得＝ヒット」でしょうか。増差所得が大きいほど、評価されることになります。 一方で、「重加算税の賦課＝ホームラン」となります。
調査官の本分は「不正の発見」と教育されていますから、額は小さくても重加算税を賦課したこと自体が、大きく評価につながることになります。
近年は、特に重加算税の賦課に力を入れる傾向にあります。